Το προπτυχιακό πρόγραμμα του τμήματος συμπεριλαμβάνει παραδόσεις από αμφιθεάτρου, φροντιστηριακές ασκήσεις, ενισχυτική διδασκαλία και επί κλίνης εκπαίδευση των εκτοετών φοιτητών. Στόχος των προγραμμάτων είναι:

Α. Η άμεση εισαγωγή των φοιτητών σε παθοφυσιολογικούς μηχανισμούς νόσων και κατ΄επέκταση στην κλινική εκτίμηση και θεραπεία ασθενών.

Β. Ο περιορισμός της από έδρας διδασκαλίας του έκτου έτους, ώστε ο εκτοετής φοιτητής, συνεπικουρώντας τον ειδικευόμενο ιατρό να αναλαμβάνει υπευθυνότητες και να αποκτά δεξιότητες μιας άρτιας και πρότυπης διαγνωστικής προσπέλασης και θεραπείας των ασθενών. Οι εκτοετείς φοιτητές συμμετέχουν πλήρως στο πρόγραμμα εκπαίδευσης των ειδικευομένων ιατρών της Παθολογικής Φυσιολογίας που συμπεριλαμβάνει την παρουσίαση ασθενών κατά την επίσκεψη των μελών ΔΕΠ και την υπεύθυνη συμμετοχή στις εφημερίες και τα εξωτερικά ιατρεία του τμήματος.